Eesti Haigekassa kõrgeim organ on Nõukogu. Selle koosseisu täpsustab Eesti Haigekassa seadus. Täpne loetelu nõukogu pädevusest ja ülesannetest on toodud Eesti Haigekassa seaduse §12.
Riigi huvide esindajad
- Tervise- ja tööminister -
- Rahandusminister- Keit Pentus-Rosimannus
Kindlustatute huvide esindajad
- Eesti Puuetega Inimeste Koja juhatuse esimees - Monika Haukanõmm
- Eesti Ametiühingute Keskliidu liige - Elle Pütsepp
Tööandjate huvide esindajad
- Eesti Tööandjate Keskliidu juhataja - Arto Aas
- Eesti Tööandjate Keskliidu liige - Andi Kasak