Eesti Haigekassa kõrgeim organ on Nõukogu. Selle koosseisu täpsustab Eesti Haigekassa seadus. Täpne loetelu nõukogu pädevusest ja ülesannetest on toodud Eesti Haigekassa seaduse §12.

Riigi huvide esindajad

  • Tervise- ja tööminister - 
  • Rahandusminister- Keit Pentus-Rosimannus

Kindlustatute huvide esindajad

  • Eesti Puuetega Inimeste Koja juhatuse esimees - Monika Haukanõmm
  • Eesti Ametiühingute Keskliidu liige - Elle Pütsepp

Tööandjate huvide esindajad

  • Eesti Tööandjate Keskliidu juhataja - Arto Aas
  • Eesti Tööandjate Keskliidu liige - Andi Kasak