Töövõimetushüvitiste arvestamise aluseks on maksu- ja tolliameti andmed hüvitise saaja eest arvestatud või makstud sotsiaalmaksu kohta eelmisel kalendriaastal. 

Tööandja arvutab haigushüvitise töötaja viimase kuue kuu keskmise palga põhjal. 

Hüvitist arvutades võrdub kalendripäeva keskmine tulu töövõimetuslehel märgitud töövabastuse alguspäevale eelnenud kalendriaastal isikule arvestatud või makstud sotsiaalmaksu alusel arvutatud tulu ja arvu 365 jagatis.

Hüvitise summa saamiseks arvutatakse päevatulust hüvitise määra protsent, mis korrutatakse hüvitamisele kuuluvate päevade arvuga. Erinevate töövabastuse põhjuste korral erinevad ka hüvitise määrad. Hüvitiselt peetakse kinni tulumaks.

Alates 2014.a. on kasutusel elektroonilise töövõimetuslehe süsteem (E-TVL). E-TVL on elektrooniline töövõimetusleht, mis asendab seni kasutatud paberil töövõimetuslehte. E-TVL võimaldab hüvitise kiiremat välja maksmist. Kui tööandja edastab andmeid elektrooniliselt, ei pea arst inimesele paberil töövõimetuslehte väljastama.

Oma töövõimetushüvitise menetlemise ja väljamaksmisega seotud infot näete hetkest, kui tööandja on töövõimetuslehe andmed elektroonselt haigekassale edastanud. Edastamisest 30 kalendripäeva jooksul maksab haigekassa töövõimetushüvitised välja. Üldjuhul laekub hüvitis töötaja arvelduskontole paari tööpäeva jooksul pärast tööandja andmete edastamist.